Aynı zamanda Üniversitelerarası Kurul Başkanı (ÜAK) olan Akaydın, Türkiye'de laik rejimin tehdit altında olduğunu iddia edip, AK Parti'nin kapatılması için dava açan Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Abdurrahman Yalçınkaya'nın 'övünülecek' bir şey yaptığını savunarak halkı gerilime sürüklemeye çalışmıştı.

Bir televizyon programında 'üniversitelerde terör örgütünün siyasi simgelerinin kullanılmasına müsamahayla yaklaşılması gerektiği yönünde' açıklama yaptığı bilinen Akaydın'ın ayrıca, ihale usulsüzlüğünden yargılandığı ve “Rahşan Affı” ile cezadan kurtulduğu da iddia ediliyor. Akaydın bir konuşmasında Akdeniz üniversitesine Museviliğin sembolü olan 'kipa' ile girilmesinde hiçbir sorun olmayacağını belirtiyor.

Akdeniz Üniversitesindeki sağ-sol kavgasında da adı “güvenlik güçlerinin alevlenen tartışmaları yatıştırmak için içeriye girmesine izin vermediği” iddialarına karışan Akaydın, Abdullah Gül tarafından yeniden rektörlüğe atanmadı.



Gül'ün 1. sıradan aday gösterilen Akaydın'ı yeniden rektörlüğe atamamasına bu iddiaların sebep olduğu düşünülüyor.