Özellikle Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne (AİHM) taşınan bazı karanlık uygulamalar, ülkeyi hem yüklü miktarlarda tazminatla karşı karşıya bırakıyor, hem de insan hakları imajına büyük darbe vuruyor. Türkiye AİHM'de, hakkında en fazla dava açılan ülkeler arasında Rusya'dan sonra 2'nci sırada geliyor. Türkiye ile ilgili 9 bin dava halen askıda. Bunların üçte ikisi, adil yargılama ve mülkiyet hakkı ihlalleriyle ilgili. Yaşama hakkının ihlali, işkence ve kötü muamele iddialarının yer aldığı başvuru sayısı ise 440. Dışişleri Bakanlığı verilerine göre, Türkiye bireysel başvuru hakkının tanındığı 1990'dan 2006'ya kadar 567 AİHM kararı sonucunda 33 milyon Euro tazminata mahkûm edildi. Bu kararların büyük bölümünü OHAL bölgesindeki hak ihlalleri oluşturuyor. JİTEM adının ilk kez mahkeme tutanaklarına girdiği Yüksekova çetesi davasında ve yazar Musa Anter cinayetinde AİHM, Türkiye'yi tazminata mahkum etti. 1989'da Cizre'nin Yeşilyurt köyündeki operasyonda köylülere insan dışkısı yedirilmesiyle ilgili davada verilen tazminat miktarı ise, her bir mağdur için 300 bin Fransız Frangı
JİTEM, emekli Albay Arif Doğan'ın Ergenekon kapsamında tutuklanmasıyla yeniden gündeme geldi. Doğan ifadesinde bu oluşumun kurucusu ve uygulayıcısı olduğunu açıkladı. Türkiye'yi AİHM'de tazminata mahkum eden olayların büyük çoğunluğu JİTEM mensupları tarafından gerçekleştirildi. Yasadışı yapılanmanın adı mahkeme tutanaklarına ilk kez Yüksekova Çetesi'yle girdi. Kamuoyunda 'üniformalı çete' olarak bilinen yapılanmanın içinde emekli Albay Doğan da bulunuyor. AİHM, Yüksekova Çetesi davasından Türkiye'yi 103 bin Euro ödemeye mahkum etti.
Doğan'ın adı, 72 yaşında öldürülen Kürt yazar Musa Anter cinayetinde de geçiyor. Anter 1992 yılında festival için gittiği Diyarbakır'da otelden alınarak öldürülmüştü. JİTEM elemanlarından Abdülkadir Aygan, olayda bizzat rol aldığını söylemişti. Türkiye bu cinayetten de 28 bin 500 Euro ödemeye mahkum edildi.
Türkiye'nin ceza aldığı diğer bir dava ise 1989'da Cizre'nin Yeşilyurt köyünde Binbaşı Cafer Tayyar Çağlayan yönetimindeki operasyonda köylülere insan dışkısı yedirilmesi. Yeşilyurtluların uzun uğraşları sonucu açılan davada dışkı yedirme olayı reddedildi, Çağlayan 'kötü muamele' nedeniyle 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. Bu da ertelendi. Köylüler, mahkemelerin reddettiği dışkı yedirme olayı nedeniyle AİHM'ye başvurdu. Türkiye, 1994'te 'kötü muamele, işkence ve dışkı yedirme' gerekçesiyle mahkûm oldu. Her bir mağdura da 300 bin Fransız Frangı ödenmesine karar verildi.
