Terör örgütünün yapılanması ilk olarak 2001 yılında gündeme geldi. Dönemin İstanbul Organize Suçlarla Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, gazeteci Tuncay Güney ve yazar Ümit Oğuztan'ın ev ve işyerlerinde yaptığı aramalarda çuvallar dolusu belge ele geçirdi.
Yine Saçan tarafından sorguya alınan Tuncay Güney, terör örgütüne yönelik ilk bilgileri emniyette sesli ve görüntülü olarak itiraf etti; ancak hakkında sadece sahte belge düzenlemekten adli süreç başlatılarak, yurtdışına kaçırıldı. Ergenekon'a ilişkin bir işlem yapılmadı. Sırlı çuvallar ilk olarak Organize Suçlar'dan Duyu-San isimli fabrikaya götürülerek saklandı. Daha sonra çuval burada bulundu. DGM savcısı, içeriğine bakmadan 'gizli' belgeleri kurum dışına çıkardığı gerekçesiyle Saçan hakkında 'görevi kötüye kullanmak'tan fezleke düzenledi. Görevsizlik kararıyla dosya Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na, çuvallar ise depoya kaldırıldı. Böylece örgütün belini kıracak 6 çuvalın sırrı Ergenekon soruşturmasına kadar gizlenmiş oldu.
Hükümeti çalışamaz hale getirerek darbeye zemin hazırlamakla suçlanan Ergenekon terör örgütünün adı ilk olarak 2001 senesinde duyuldu. Soruşturmanın kilit isimlerinden gazeteci Tuncay Güney ve 28 Şubat sürecinin önemli yazarı Ümit Oğuztan'ın da aralarında bulunduğu 7 kişi, 2 Mart 2001'de Asayiş Şube Müdürlüğü'nce otomobil kaçakçılığına ilişkin yapılan operasyonda gözaltına alındı. İki şüphelinin evinde ve işyerlerinde yapılan aramalarda Ergenekon'un yapılanmasıyla ilgili 6 çuval belge ve doküman ele geçirildi. DGM Cumhuriyet Başsavcılığı, olayı bir bütün olarak incelemek yerine iki ayrı dosya olarak ayırdı. Zanlılar hakkında 'dolandırıcılık' suçundan dava açıldı. Ancak Ergenekon belgelerine ilişkin hiçbir işlem yapılmadı.
Soruşturmayı yürüten dönemin İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, Eylül 2003'te "işkenceyi görmezden gelmek" suçundan ilk defa görevinden alındı. Ergenekon'un üzerini örtmekle suçlanan ve son operasyonda tutuklanarak cezaevine gönderilen Saçan, sorguladığı birçok önemli isme ait belgelerin asıllarını yanında götürüyor. Saçan'ın bu belgeleri savcılığa gönderdiğine ilişkin herhangi bir kayıt bulunmuyor. 85 klasör ve onlarca kasetin bulunduğu 6 çuval dolusu belgenin bu süre içerisinde kat ettiği mesafe ise dikkat çekici.
Çuvallar ilk olarak Organize Suçlar Şubesi'nden Gaziosmanpaşa'da bulunan Duyu-San isimli bir fabrikaya götürülerek burada saklanıyor. Bomba ihbarı üzerine yapılan baskınla 13 Aralık 2003'te ele geçirilen belgeler, bu kez İstanbul Devlet Güvenlik Mahkemesi'ne (DGM) götürülüyor. DGM Savcısı İsa Dalgıç, söz konusu belgelerin içeriğine bakmadan 'gizli' belgeleri kurum dışına çıkardığı gerekçesiyle Saçan hakkında 'görevi kötüye kullanmak' suçundan fezleke düzenliyor. 'Görevsizlik' kararı vererek dosyayı ve çuvallar dolusu belgeyi Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderiyor. Saçan, Fatih 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanırken, Ergenekon Savcısı Zekeriya Öz de, araştırmalar sonucu Ergenekon belgelerinin 4 çuvalını Fatih Adliyesi'nin deposunda buluyor. 7 yıl sonra tekrar Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne getirilen belgeler ışığında Ümraniye'de ele geçirilen 27 el bombasıyla başlayan soruşturmada ikinci ve büyük perde açıldı. Ve Susurluk Davası'nda ifade bile vermeyen emekli Tuğgeneral Veli Küçük, İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, emekli paşalar Hurşit Tolon, Şener Eruygur, emekli Albay Fikri Karadağ, medya patronu Tuncay Özkan, Adil Serdar Saçan ve eski Belediye Başkanı Gürbüz Çapan'ın da aralarında bulunduğu 70 kişi cezaevine gönderildi.
Belge dolu çuvallardan 4'ü burada ele geçiriliyor. Ancak aralarında bankalardaki yolsuzlukları içeren dosyalar, Mesut Yılmaz'la ilgili iddialar, Ersever cinayetinin ayrıntıları, Hizbuttahrir dosyası, Perinçek-Kenan Evren ilişkisi ve 28 Şubat'ın perde arkası, Susurluk kazasıyla ilgili ayrıntıların yer aldığı bazı belgeler bulunamıyor. Polisin, Saçan'a 2001'de sorguladığı ve ifadeleriyle Ergenekon'u ortaya çıkaran gazeteci Tuncay Güney'in İstanbul Gültepe'deki evinde ele geçirilen 6 çuval dolusu belgeden kaybolan 2 çuval ile sorgusuna ait kayıp iki video kasetin nerede olduğunu sorduğu öğrenildi.
